A pastoral tem como missão a evangelização. Para isso, o Colégio Franciscano Santa Isabel oferece um espaço educacional de formação e convivência cristã entre estudantes, educadores, pais, religiosas e colaboradores, promovendo o convívio fraterno e harmonioso entre a comunidade escolar e seu entorno, tendo como base as virtudes cristãs testemunhadas e praticadas por São Francisco de Assis.
A pastoral tem ainda, como finalidade, fortalecer vínculos familiares, laços de solidariedade e respeito à condição humana, possibilitando o crescimento espiritual da comunidade educativa e a busca de seu bem-estar e desejo de contribuir na conquista de sua felicidade. Para isso, conta com o auxílio dos planos elaborados pela Associação Cultura Franciscana:
- Plano virtudes – destinado à Educação Infantil e Fundamental I, para que desenvolvam, desde a infância, as virtudes cristãs, para que possam praticá-las em prol da sociedade e de si mesmas;
- Plano de convivência – destinado ao Fundamental II, do 6º ao 8º ano, para que possam desenvolver habilidades sociais de convívio e respeito com o outro e consigo mesmos;
- Grupo de jovens – destinado ao 9º ano e Ensino Médio para que compreendam a sociedade como um todo, debatendo sobre temas diversificados;
- Grupo vocacional religioso – Em um trabalho integrado com a área pedagógica, são oferecidos encontros vocacionais com o objetivo de ajudar o jovem a se preparar para fazer suas opções profissionais e de vida;
- Atividades permanentes – celebrações em datas religiosas e/ou específicas e são destinadas à toda comunidade escolar.