O Colégio Franciscano Santa Isabel, por meio de sua Mantenedora, a Associação Cultura Franciscana – ACF, beneficia seus estudantes com bolsas de estudos integrais (100%) e parciais (50%) e Apoio ao Aluno Bolsista, o qual consiste na doação de material didático, uniforme e merenda escolar. Ambos os programas visam contribuir na promoção humana, favorecendo o acesso a educação de qualidade e recursos condizentes à permanência do estudante nas Unidades nas quais estão inseridos.
O Colégio Franciscano Santa Isabel utiliza de critérios necessários para seleção de seus estudantes bolsistas, conforme o art. 33 do Decreto 8242/13. Ou seja, todos os estudantes participantes do Programa de Bolsas de Estudos, atendidos pela Associação Cultura Franciscana, apresentam o perfil socioeconômico, cuja renda familiar mensal per capita não excedeu o valor de 1 1/2 (um e meio) do salário mínimo vigente, conforme Lei 12.868/13. Tal perfil é comprovado através de uma lista de documentos. A análise socioeconômica é realizada pelos Assistentes Sociais da Entidade.
Conforme o Decreto 8242/13 no artigo 33, a ACF estabeleceu critérios e regulamentos para a concessão de bolsas de estudos e publica, através de um Edital, as vagas e demais orientações de como participar do processo.